酵素が多く含まれる食品については、前に記した新鮮な生野菜や魚、発酵食品です。発酵食品について詳しく見ていくと、日本では、みそや納豆、漬物が代表的なものとしてあげられます。主に植物性のもので、大豆を使ったものが多いのが特徴です。韓国ではキムチ、フランスなどのヨーロッパでは、チーズ、ヨーグルトといった動物性のものがあげられます。その地域の食生活と大きな関わりがあります。また、日本酒やワインなどのアルコールも発酵によってできるものです。発酵は、たくさんの微生物（酵母、酵素、様々な菌類）たちの働きによって食物中の糖類、たんぱく質、デンプンなどが分解され、新たに身体にとって良い成分が作り出されることで、発酵食品はこのように多くの微生物の働きから生まれます。

酵素は食品の味をおいしくします。多くの微生物の働きによって、食品に含まれるデンプン、糖、たんぱく質を分解し、新たに「うまみ」を作り出すことができます。また、微生物の組み合わせにより味も変化していきます。家庭の手作り味噌でも、それぞれの家庭で味が違うのはこのような理由からです。

酵素は食品の栄養価を高めます。発酵によって、本来その食品にはなかった質の高い栄養成分が生まれるということです。また、発酵させる微生物にも身体によい働きをするものがたくさんあります。乳酸菌が腸の環境を整えたり、納豆菌が血流を良くしたりすることなどです。さらに、発酵によって体内への栄養吸収が良くなるということも分かっています。

酵素によって発酵された発酵食品は長期保存が可能です。冷凍庫がなかった時代には日本でも家庭で干物を作る文化がありました。天日発酵食品は、身体と体内の酵素を助けてくれます。消化がよく、特に腸内環境を整えてくれることで、酵素が体内に入りやすい状態にするわけです。